簡単にどう違うかと言いますと、下記のようにURLが異なってきます。無料ドメインの場合は、他社のドメインを間借りるような形になります。
無料ドメインの場合 例:http://www.farmers-ring.jp/○○○ 例:http://www.○○○.sakurasaku.com 独自ドメインの場合 例:http://www.○○○.jp ※ ○○○には、お客様の会社名などの文字が入ります。