簡単にどう違うかと言いますと、下記のようにURLが異なってきます。無料ドメインの場合は、他社のドメインを間借りるような形になります。

無料ドメインの場合
　例：http://www.farmers-ring.jp/○○○
　例：http://www.○○○.sakurasaku.com
独自ドメインの場合
　例：http://www.○○○.jp
※　○○○には、お客様の会社名などの文字が入ります。